Show Menu
Cheatography

Genetyka 7- Kontinuum zmienności genetycznej Cheat Sheet by

Wykład z Biologicznych Mechanizmów Zachowania II, II semestr psychologii na Uniwersytecie Warszawskim. Notatki służą powtórce przed egzaminem

Cytoge­netyka

Dział genetyki, zajmujący się badaniem chromo­somów
Kształt, liczba, dziedz­iczenie

Kontinuum zmienności genety­cznej

Zmienność pojedy­nczej pary zasad
Mutacje punktowe/ SNPs
Niewielkie inserc­je/­delecje
- Mikros­ate­lity/ minisatelity
- Copy Number Variation
Ruchome elementy
Retrot­ran­spozony (300bp­-10kb)
Zmienność liczby kopii o dużej skali (>10 kb)
- Delecje/ amplif­ikacje dużej skali
- Duplikacje segmentowe
Lokalne przeks­zta­łcenia
Zmienność chromo­somalna
Transl­okacje, insercje itp.

Mutacje genowe (punktowe)

Mutacja w genie, polegająca na zmianie pojedy­nczego nukleotydu
Może powstać w wyniku substy­tucji, delecji lub insercji pojedy­nczego nukleotydu [Wikip­edia]
Polimo­rfizm genetyczny
Występ­owanie w populacji dwóch lub więcej form danego genu- alleli z częstością większą niż oczeki­wana, wynikającą z ogólnej częstości mutacji w danej populacji
 
Polimo­rfizm występuje, gdy najrzadszy wariant alleliczny w danym locus występuje z częstością większą niż 1%
 
Polimo­rfizm jest efektem zmian sekwencji DNA, tak jak mutacja

SNP

Single Nucleotide Polymo­rphism
Polimo­rfizm pojedy­nczego nukleotydu

Markery powtór­zonej sekwencji

Mikros­atelity (STR)
Sekwencje zawier­ające 10-50 powtórzeń motywu o długości 1-6 par zasad
Minisa­telity (VNTR)
Sekwencje zawier­ające do kilkud­zie­sięciu powtórzeń motywu o długości 9-80 par zasad

Copy Number Variation

Amplif­ikacje lub delecje, o wielkości 1 kpz lub większej, w różnych częściach genomu
Zmienność dotyczy różnych genów
Każdy posiada CNV, z częstością poniżej 20%
Różnimy się bardziej pod względem CNV niż SNP

Mutacje a polimo­rfizmy

Penetr­acja- częstość występ­owania określonej cechy w populacji nosicieli zmutow­anego genu

Badania asocja­cyjne

Asocjacja (powią­zanie)
Współw­yst­ępo­wanie allelu umiejs­cow­ionego w konkretnym locus z badaną cechą powyżej poziomu oczeki­wanego jako przypa­dkowy
Badania asocja­cyjne prowadzone są na poziomie popula­cyjnym lub prze zastos­owaniu schematów rodzinnych

Schematy badań epidem­iol­ogi­cznych

RCT- Random­izowane kontro­lowane badania kliniczne

Badania epidem­iol­ogiczne

Kliniczno- kontrolne
- Wybranie odpowi­edniej grupy przypadków o określonym statusie choroby
- Podział puli badanych na choruj­ących i grupę kontrolną
- Ustalenie potenc­jalnych ekspoz­ycji, które mogły wystąpić w przesz­łości populacji [Wikipedia]
- OR (Odds ratio)- Iloraz szans
Przekr­ojowe
- Osoby o różnych genotypach porówn­ywane pod względem wyników osiąganych na różnych wymiarach zachowania
Badanie genów kandyd­ujących
- Do analiz wybierane są geny mające prawdo­podobny związek z badaną cechą
- Związek oparty na danych fizjol­ogi­cznych, bioche­mic­znych, farmakologicznych
- Np. dopami­ner­giczna teoria schizo­frenii Carlssona, zakład­ająca dysreg­ulację (nadak­tyw­ność) przeka­źnictwa dopaminergicznego
-- Pacjenci ze schizo­frenią charak­ter­yzują się zwiększoną podatn­ością na psycho­zom­ime­tyczne działanie niektórych substancji powodu­jących zwiększone uwalnianie dopaminy

Badania epidem­iol­ogiczne

Kliniczno- kontrolne
- Wybranie odpowi­edniej grupy przypadków o określonym statusie choroby
- Podział puli badanych na choruj­ących i grupę kontrolną
- Ustalenie potenc­jalnych ekspoz­ycji, które mogły wystąpić w przesz­łości populacji [Wikipedia]
- OR (Odds ratio)- Iloraz szans
Przekr­ojowe
- Osoby o różnych genotypach porówn­ywane pod względem wyników osiąganych na różnych wymiarach zachowania
Badanie genów kandyd­ujących
- Do analiz wybierane są geny mające prawdo­podobny związek z badaną cechą
- Związek oparty na danych fizjol­ogi­cznych, bioche­mic­znych, farmakologicznych
- Np. dopami­ner­giczna teoria schizo­frenii Carlssona, zakład­ająca dysreg­ulację (nadak­tyw­ność) przeka­źnictwa dopaminergicznego
-- Pacjenci ze schizo­frenią charak­ter­yzują się zwiększoną podatn­ością na psycho­zom­ime­tyczne działanie niektórych substancji powodu­jących zwiększone uwalnianie dopaminy
 

Zespół delecji 22q11

Objawy:
Zespół DiGeorge'a (zespół podniebienno-sercowo-twarzowy):
- Wady serca, podniebienia
- Niedobór odporności
- Trudności w uczeniu się
Shizof­renia
25% dorosłych z delecją 22q11 ma objawy schizo­frenii (Murphy i in., 2000)
Kandyd­ujące geny:
- COMT
- PRODH
-ZDHHC8
-ARVCF

COMT

Katech­olo­-O-­met­ylo­tra­nsf­eraza
Meta-a­nalizy wskazują na związek zmienności COMT ze schizo­frenią

GWAS

Genome­-wide associ­ation studies
Całościowe genomowe badanie asocja­cyjne
Badanie powiązań z SNPs (do 2 mln jednoc­ześnie)
Wybór specyf­icznych SNPs (MAF > 5%; brak LD)
Wykonywane z użyciem mikrom­acierzy
1. Wytwor­zenie mikrom­aci­erzy- nanies­ienie na płytkę gotowy­ch/­zsy­nte­tyz­owanych in situ sond długości 25-70 nukleotydów
2. Analiza ilościowa
Wykres Manhatan
Często używany do wizual­izacji GWAS
Ganna i in., 2019
- Badanie na 477 tys. uczestników
- Zlokal­izo­wanie 5 loci, znacząco związanych z zachow­aniami seksua­lnymi z osobami tej samej płci
- DOI: 10.112­6/s­cie­nce.aa­t7693

Polygenic risk score (PRS)

Poligenowy wskaźnik ryzyka
Używany do określenia stopnia ryzyka genety­cznego w predykcji wystąp­ienia danej cechy (zabur­zenia)
Liczba wariantów ryzyka, związanych z daną cechą, występ­ujących u osoby z badanej próby, przy uwzglę­dnieniu wag dla wielkości efektów związków tych alleli z cechą w próbie pierwotnej
np. PRS dla uzależ­nienia od alkoholu a czas wystąp­ienia pierwszych objawów
Wyższy wynik od mediany- szybszy spadek prawdo­pod­obi­eństwa uniknięcia objawów
 

Comments

No comments yet. Add yours below!

Add a Comment

Your Comment

Please enter your name.

    Please enter your email address

      Please enter your Comment.

          Related Cheat Sheets

          Basic Research Methods Cheat Sheet
          Genetyka 1- podstawowe informacje Cheat Sheet
          Genetyka 5- Mutacje DNA i wady rozwojowe Cheat Sheet

          More Cheat Sheets by KontoDoNauki

          HMP 10- Klasyfikacja zaburzeń Cheat Sheet
          Genetyka 3- ekspresja genu Cheat Sheet
          Genetyka 4- dziedziczenie Mendla Cheat Sheet